自國內疫情警戒升至三級，基於防疫需要，指揮中心要求各場所全面落實實聯制，以供疫調使用，行政院推出簡訊實聯制，讓民眾出入各場所可以快速發送簡訊至1922，完成實聯制登記，由於簡訊實聯制涉及民眾行蹤、隱私，政府保證僅作為疫調使用，且保留28天即刪除資料。近日卻有法官當吹哨者，指出簡訊實聯制恐遭警方濫用，用於辦案以追蹤嫌犯的行蹤。NCC澄清警方依通訊保障及監察法規定，得以監聽特定對象的所有通訊內容，和疫情指揮中心為疫調所設置簡訊實聯制並不同，不可混為一談。為免產生誤會，指揮中心也要求警政機關基於通訊監察取得實聯制簡訊資料，應主動排除使用。
一名任職於地方法院強制處分庭的法官，負責審核警方聲請的搜索票，近日向媒體投訴，在刑事警察局搜索票聲請書中，警方欲以簡訊實聯制的簡訊鎖定嫌犯行蹤，質疑簡訊實聯制被濫用的不當行為，也違反當初政府強調簡訊實聯制僅作為疫調使用的承諾。
由於民眾進出各場所發送簡訊實聯制，等於自主將什麼時間，出入在什麼場所，主動上傳到簡訊實聯制系統，如果遭到防疫以外的目的使用，就可能導致原本為疫調之用的實聯制資料遭濫用，政府監控、侵犯民眾隱私等爭議。
對此引發的爭議，刑事警察局強調並未向疫情指揮中心調取簡訊實聯制相關資料用於犯罪偵查，而是依據通訊監察保障法，經警方通過監察發現，嫌犯使用受通訊監察的行動電話，在特定地區曾發送1922實聯制簡訊商家代碼，加上通訊監察所取得曾在特定區域出現的資料，派員到現場實際比對商家代碼，調查嫌犯實際出現地點，過程均依通保法取得的通訊監察資料，為經過實際核對，調查嫌犯行蹤的偵查必要手段。
NCC也在周末緊急澄清，1922簡訊實聯制資料係依疫情指揮中心基於防疫需要，向五大電信調閱實聯制資料，刑事局並未向指揮中心調閱，各家電信業者除了指揮中心疫調之用外，也未提供1922簡訊實聯制資料給其他單位使用，政府並未違反承諾。
NCC指出，刑事警察局依據通訊保障及監察法規定，得向法官申請通訊監察書，在法官同意下，在其通訊監察系統下，對被監察的對象監聽或看到其所有通訊內容，其中包括1922簡訊，而疫情指揮中心基於防疫需要，設立的簡訊實聯制系統，兩者蒐集的目的及範圍並不同，不能混為一談。
NCC官員強調，依據通訊保障及監察法規定，警方只能在法官同意之下，對特定的監察對象進行監聽，雖然包括1922簡訊資料，並非隨意調閱簡訊實聯制的資料。NCC強調簡訊實聯制為科技防疫的目的，謹限定防疫使用，最小化蒐集資料，僅保留28天，NCC將督促電信業者受理任何資料調取之前，應遵守法律相關規定。
換言之，警方雖不能向指揮中心或電信業者調閱簡訊實聯制系統內的資料，但卻可以依照通保法規定，在法官同意之下，依通訊監察系統對特定的對象監聽其行動通訊行為，包括發送到1922的簡訊資料，用於犯罪偵查使用。
對於此一爭議，中央疫情指揮中心副指揮官陳宗彥昨日指出，刑事警察局的確沒有向指揮中心調閱簡訊實聯制資料，刑事警察局是依通訊監察，在法院同意下，取得嫌犯的簡訊資料，根據實聯制簡訊的商家代碼，實地一家一家比對，對詐欺案進行調查。他強調指揮中心不會同意簡訊實聯制的任何疫調外使用，刑事警察局也沒有向指揮中心申請使用。但為了避免外界誤會，指揮中心已請警政署通令各警察機關，雖然通訊監察屬於合法，但在疫情期間，若通訊監察資料出現實聯制簡訊資料，主動排除使用。
儘管，目前指揮中心已要求警政署通令各警察單位排除使用實聯制的簡訊資料，但警方依通保法取得這些簡訊資料仍是合法，且先取得資料才主動排除，而非從根本上來禁止實聯制的簡訊資料被取得，仍有實聯資料被濫用、侵犯民眾隱私的風險。