WWDC 2016大會的聲量圍繞在macOS、iOS 10等的更名與升級，但蘋果同時推出的新檔案系統開發者預覽版，對某些蘋果迷來說，可能更讓人期待。
蘋果推出的新檔案系統Apple File System(APFS)，目前已針對開發社群推出預覽版本，正式版本預計在2017年推出。新的APFS將供iOS、OS X、tvOS、watchOS等作業系統使用，針對快閃儲存/動態硬碟最佳化，支援原生加密、寫入時複製後設資料(copy-on-write metadata)、空間分享、檔案與目錄拷貝(cloning)、快照、快速目錄大小調整、安全儲存原始件(atomic safe-save primitives)等。
相關更新有助於提高蘋果產品的效能、速度，而蘋果已經近20年未更新的檔案分享技術，也有助於將蘋果的檔案系統進一步現代化。
蘋果將在WWDC的場次中向開發社群詳細介紹相關更新，開發者也已經可以在使用OS X 10.12 版本的電腦上，以外接硬碟的方式測試該檔案系統，但目前採用APFS的磁碟尚無法作為開機磁碟使用。