iOS研究人員Jonathan Zdziarski針對WhatsApp研究後發現，即使用戶刪除對話紀錄，在WhatsApp資料庫內還是看得到。
為了進行測試，Zdziarski安裝WhatsApp後製造了不同的對話串，然後將某些對話串加以歸檔、有些則加以刪除。最後執行WhatsApp的「清除所有對話」功能後，再將App的資料庫做了第二次備份。結果發現不論有沒有做過歸檔或刪除，對資料保留的結果沒有任何影響，在所有情況下，理應被刪除的紀錄都原封不動地保留在SQLite資料庫中。
研究人員強調，這不是說WhatsApp故意保留這些資料不刪除，而是這些資料並未從資料庫完全清除或消掉，使得資料跡證可以被回復到原始樣子。事實上，除了WhatsApp外，其實蘋果iMessage也有同樣問題。
Zdziarski解釋，鑑識跡證（forensic trace）在許多使用SQLite資料庫的應用程式來說很常見，因為iOS版SQLite的設計預設就不會完全清空資料庫。
研究人員補充，如果這些對話保留在安全的裝置上倒也沒關係，問題在於隨著iPhone用戶備份其資料到iCloud上，則這個資料庫將可能出現在iCloud及桌機電腦上。如果駭客拿到用戶iPhone，可能複製一份資料庫於別處，並透過iCloud 備份機制隨時存取WhastApp對話，因為iCloud並不支援加密備份（encryption backup ）。如果駭客取得桌機的WhatsApp，雖然桌機iTunes支援加密備份，但也可能被暴力破解密碼取得對話資料。
Zdziarski指出，雖然這種情境平常不太會發生，用戶不必太驚慌，但如果取得手機或桌機的人是具有搜索力的政府單位或警方，用戶的通訊紀錄就能被看光光。
研究人員因此建議WhatsApp用戶使用iTunes時應設定複雜且夠長的密碼，或使用Configurator等工具進行裝置的配對鎖定（pair locking），防止他人以配對或鑑識工具取得對話紀錄。此外，他建議關閉iCloud備份，因為iCloud是以明碼儲存用戶資料庫，以及定期刪除並重灌通訊App，以便能完全清空資料庫。