2016臺灣駭客年會找來任職Line資安部門的Nikolay Elenkov揭露Line內部的資安架構。他表示，目前平臺所著重的資安議題總共有四大項：Line架構安全性、通訊傳輸、訊息及網路通話安全，以及裝置安全，「而Line跟其他企業的特色不大一樣。」他解釋，大部分Line使用者不太重視資安議題，同時為了兼顧應用程式易用性及安全性，「很難做到百分之百安全。」
Line擁有不少相異裝置的版本，包含Android、iOS，以及桌機版等。在後端則必須透過不同的系統元件，處理使用者傳送訊息的需求，例如Talk Server、Timeline、認證模組等元件。而介於使用者於後段系統間，則有透過LEGY（Line Event Gateway），串接系統後端的應用程式服務。
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LEGY（Line Event Gateway）除了路由功能外，還必須負責傳輸間的加密任務，在Line只有2至3人知道其實作細節。
目前Line是使用TLS加密，導入版本為1.2版。 Nikolay Elenkov表示，此版本延遲性的問題特別嚴重，在行動網路中，傳送封包的來回時間（Round Trip Time，RTT）也常較長。此外傳送訊息也要多次交握程序（Handshake）。未來TLS 1.3版則要減少交握程序次數，並且讓RTT下降為0，「不過目前還尚未完成。」
Line在傳送使用者訊息時，會透過四大步驟進行加密。首先，1號使用者會與Talk Server索取2號使用者公鑰，第二步驟中，1號使用者則是將訊息發送給Talk Server，並且在傳遞送至2號使用者。在收到訊息後，2號使用者則會與Talk Server索取1號使用者公鑰，便完成了整個加密程序。
現在Line通訊機制加密制度也延伸到群組對話，每個對話群組都會產生一組共用公鑰，每當群組成員更動時，系統也會產生新的公鑰。
不僅是通訊，Line所推出的遊戲同樣也得注意資安議題。Nikolay Elenkov舉例，某些不法人士會試圖想要破除系統限制，在更短時間內回復體力。而系統會偵測該使用者是否已達系統設定的條件。若發現不符，將會駁回請求。