支援Docker容器技術是新版Windows Server 2016關鍵的新特色之一，也是打破Windows和Linux世界壁壘的其中一項關鍵。在微軟負責Docker技術研發團隊的微軟首席資開發首席John Starks就透露，最大困難是，Docker源自Linux核心的系統層功能，如控制資源的控制群組機制cgroups、命名空間Namespaces，還有實現層級化功能的共通檔案系統AUFS等，這些都是在Windows所沒有的功能。
早在2014年6月，微軟有意將Docker專案複製到Windows環境上時發現，「需要推出新版作業系統才能解決這個問題，這也就成了Windows Server 2016要實現的功能。」John Starks說。
微軟如何實作Windows容器
為了將Docker技術搬到Windows世界，微軟首先在新版Windows 中實現了容器需要的三種系統層機制，控制群組機制（微軟稱為Job objects），命名空間機制（包括了Object Namespace、Process Table和Networking）以及層級能力，來提供作業系統層級的運算服務層（Compute Service），才在Windows上打造出了能與Docker 相容的Container技術。
不只是重現Linux機制，微軟還得兼顧與Windows的相容性，理，例如在命名空間的設計上，微軟除了增加了Silo\來管理Windows系統資源的起點，如\Silos\foo，也將Windows環境下常用的目錄如C:\或C:\Windwos，在Windows容器中，也改由Object namespace來管理，變成了\DosDevices\C:和\DosDevices\C:\Windwos等存取路徑。
或像是在檔案系統的設計上，John Starks解釋，NTFS檔案系統太複雜，很難用NTFS打造一套UnionFS檔案系統，因此，微軟採取混合架構，每一個容器有各自有一份NTFS分區表，搭配虛擬的區塊儲存裝置來建立容器的多層式檔案系統，再利用Symlink機制，將不同層內的檔案對應到Host環境檔案系統的實際檔案上，來減少虛擬區塊儲存裝置所占用的容量。
Windows容器有兩種
微軟設計了兩種Windows Container（簡稱Windows容器），一種共用系統核心資源的Windows Server Container（簡稱Windows Server容器），另一種則是有自己獨立系統核心資源的Hyper-V Container（簡稱Hyper-V容器）。Windows Server容器更像是Linux上的Docker容器，和其他容器共用同一套Host作業系統的核心，而Hyper-V Container則會有一份專用的作業系統核心，而不會共用Host核心。在同一個作業系統環境中，可以同時執行這兩類的Windows容器。
簡單來說，Hyper-V容器就像是一個包在Hyper-V特殊款虛擬機器內的Windows Server容器。Hyper-V容器內有一份獨立的系統Kernel、一個Windows Server容器、Guest運算服務、基礎系統Process。
不過，Hyper-V容器所建立的特殊虛擬機器，並非是真正的Hyper-V虛擬機器，而是一個用精簡版Hyper-V虛擬化技術隔離的環境，像是在Hyper-V分區上執行的一個Windows Server容器。微軟表示，第一個Hyper-V容器啟動約40秒，為了加快Hyper-V容器的啟動速度，微軟還設計了一個複製機制，可以快速複製（Fork）記憶體內第一個Hyper-V容器的特殊VM環境，來加快其他Hyper-V容器的建立速度。
在Windows作業系統內的Docker引擎，可以呼叫這些Windows系統層級的運算服務來執行和管理Windows容器，就如同在Docker引擎在Linux環境中透過containerd和runc服務來管理Linux容器一樣。從載入Docker映象檔來布建應用的流程來看，Docker引擎成了開發者唯一要面對的作業系統環境抽象層，而不用擔心底層容器技術如何運作，幾乎所有的Docker指令都同樣可以在Windows環境下執行，只有少數指令的運作和Linux環境不同，例如不支援FROM scratch指令。
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類型1：Windows Server容器
微軟設計了兩種容器，第一種稱為Windows Server容器，這很像是Linux上的Docker容器，和其他容器共用同一套Host作業系統的核心。也可以使用Dockerfile來建立描述性的映象檔。（圖片來源／微軟）
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類型2：Hyper-V容器
另一種Windows容器稱為Hyper-V容器，像是一個包在Hyper-V特殊型VM內的Windows Server容器，會有一份專屬OS核心，而不與其他容器共用Host核心。和Windwos Server容器一樣支援相同的Dockerfile映象檔。（圖片來源／微軟）
Windows容器的Dockerfile有點不同
Windows容器同樣也可以使用Dockerfile來建立描述性的映象檔，來將Windows基礎架構配置程式化，微軟還推出了支援Docker的PowerShell指令，可用於命令列模式下，搭配Docker指令來管理Windows容器。
幾乎大多數Docker指令可用於Windows環境中，例如要注意反斜線逸出如WORKDIR c:\\Apache24\\bin才有效。另外，可以在Dockerfile檔中用RUN powershell.exe來執行PowerShell指令設定環境配置。這也意味著Linux環境的Dockerfile得費一番功夫調整才能用於Windows環境。
目前，Windows容器的Dockerfile只能使用兩種基礎映象檔（Base image）來建立容器，一個是windowservercore基礎映象檔（檔案超大約6 GB，但相容性高）和nanoserver基礎映象檔（檔案小約5百MB，啟動速度快，簡單API介面），而無法使用Linux類基礎映象檔，如Docker開發者慣用的Ubuntu，來建立Windows容器。使用這兩種基礎映象檔建立的Dockerfile都可用來建立Windows Server容器或Hyper-V容器。
微軟目前正式推出的是Docker on Windows，可以做到在Windows上能跑Docker，包括Window Server 2016和Windows 10都已支援，但微軟下一步想要實現的是Docker for Windows，能夠將Docker技術高度整合到Windows內，做到可以同時在Windows環境內執行任何類型的Docker容器，也就是能同時執行Windows類容器和Linux類容器，如此一來就「可以在Windows上平行執行Windows應用和Linux應用了」。目前，Docker for Windows還處於Beta測試版本，「兩者完成整合的那一天很快就會到來。」John Starks說。