每當微軟推出新版本的Windows Server，企業最想知道的事情，莫過於售價是否也隨之調漲。Windows Server 2016伺服器端的授權單價，維持與舊版相同，但微軟改以處理器所包含的核心數量，做為Windows Server 2016新的計價基準，若是伺服器搭載的處理器核心總數超過16個，企業購買授權，就可能需要比Windows Server 2012 R2時期更多的費用。
微軟資深雲平臺行銷經理馮立偉表示，Windows Server 2016針對單一伺服器的最低授權門檻，為8個雙核心授權單位（2-Core Pack），等於1組Windows Server 2012 R2雙處理器授權的費用。以Open授權的建議售價（以下未註記者，皆指此授權模式的費用）來看，Windows Server 2016 Datacenter版是6,155美元，而標準版則是882美元，與Windows Server 2012 R2相同。
至於臺灣建議售價的部分，根據10月份臺灣微軟提供的雙核心授權價格，Datacenter版是27,800元，而標準版則是3,990元，以最低授權需購買8個雙核心授權進行換算，Datacenter版建議售價約是222,400元，標準版為31,920元，與Windows Server 2012 R2的222,350元與31,880元，其實差不多，因此新版本的美元與臺幣售價，幾乎算是沒有調整。
主要版本計價方式大變化，以處理器核心數量為授權依據
雖然建議售價相同，但微軟一改舊版以處理器數量計價的做法，Windows Server 2016首度採用伺服器搭載的處理器核心數量，計算所需的授權。馮立偉表示，這是因為他們規畫讓Windows Server 2016的授權，也能在Azure雲端服務上的Windows Server VM運用，由於這些雲端VM採取處理器的核心數量為計價基礎，導致他們調整了Windows Server 2016授權規則。
而在Azure雲端平臺中，微軟只提供標準版與Datacenter這2種Windows Server的VM，因此，採用處理器核心數量計價的模式，只影響Windows Server標準版與Datacenter兩個版本，其他版本仍採用處理器的數量計價。此外，對於用戶端存取授權（CAL）的部分，則是維持原有的價格，並未隨伺服器端採核心數授權，而有所調整。
此外，與Windows Server搭配的管理平臺System Center 2016，授權方式也調整為採用處理器核心總數計價。
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Windows Server 2016版授權費用的更動，只有針對伺服器端的部分，至於使用者端的授權計價方式，微軟表示維持與2012 R2版完全相同。
伺服器整機處理器若超過16個核心，用戶需要付出較多授權費用
在Windows Server 2012 R2時期，微軟採用2個處理器為銷售授權的基礎單位，換言之，對於單路或是雙路伺服器來說，都必須至少購買一份雙處理器授權套件。而在Windows Server 2016新的計價模式中，則是以處理器的核心數量為基準。
其實，Windows Server 2016改以處理器的核心數量計價，還有其他的授權規則限制，包括每個處理器必須至少購買8個核心的授權，以及單一伺服器需要擁有2個處理器的授權，換言之，對於一臺實體伺服器來說，最低的授權費用為16個核心授權。因此，單路伺服器的處理器，其核心數量在16個以內的情況，授權費用與Windows Server 2012 R2時期相同；而對於雙路或搭載更多處理器的伺服器，則是在每個處理器的核心數為8個以下時，授權費用不變。
而對於採用10個核心以上處理器的2路伺服器來說，採買Windows Server 2016的伺服器授權，超出16個核心的部分，就要加買以兩個處理器核心為單位的「雙核心授權套件」，這個套件的授權價格，相當於Windows Server 2012 R2的雙處理器套件的八分之一。
我們用整機處理器核心剛好超過16個的伺服器為例，說明Windows Server 2016的伺服器授權計價方式，與前一代Windows Server 2012 R2的差異。若以伺服器運算規格為2個Xeon E5-2630 v4處理器，整機一共有10×2=20個處理器核心而言：
● 搭配Windows Server 2012 R2標準版的時候：
◆ 雙處理器授權售價為882美元。
● 搭配Windows Server 2016標準版的時候：
◆ 整機需10×2=20個核心授權。
◆ 20個核心授權，需購買10個雙核心授權單位。
◆ 在此授權模式下，雙核心授權單價為882/8=110.25美元。
◆ 總費用110.25×10=1102.5美元。
● 授權價格差異：
◆ 2016版比2012 R2需多付出1102.5-882=220.5美元。
◆ 漲幅為(220.5/882)=25%
因此，Windows Server 2016改採處理器核心數量計價之後，伺服器搭載的處理器，其擁有的核心數量越多，所需要授權費用也隨之增加。以目前Xeon E5最高階的2路處理器E5-2699 v4為例，需取得44個核心授權，標準版所需費用為110.25×22=2425.5美元，為Windows Server 2012 R2標準版售價的2.75倍。
這樣的計價模式，也改變以往只依據伺服器處理器的數量，判斷伺服器規模的情況，在納入處理器核心數量的規則之後，似乎較為合理。不過，在單一處理器所包含核心數量越來越多的情勢之下，以我們前面提到的E5-2630來看，E5-2630 v2是6核心、v3是8核心，進化到現在的v4則擁有多達10個核心，Windows Server 2016的計價方式，顯然與處理器發展方向，朝向處理器核心數量增加，價格維持不變的態勢，有些背道而馳。
馮立偉表示，改以核心數量計價的做法，SQL Server 2016與業界許多軟體早已採用這種模式，並非Windows Server特例，而且他們也認為，處理器性能越好、可以執行較多任務的情況之下，採用這種差別費率調整，比較能夠反應真實的使用情形。
目前仍在軟體保證合約期間中的企業，不受新計價模式影響
此外，有些企業並不會立即受到這波漲價影響，例如，在Windows Server 2016正式上市前，簽署軟體保證合約者，合約期間內，授權仍以處理器數量計算。因此在下一次續約之後，這些企業才需要改以處理器核心數的方式，購買Windows Server授權。